明末鼎革之际，武当山作为历代敕封皇家道场，其道官管理体系并未因政权更迭彻底废弛。清廷入主中原后，对武当祭祀规制、宫观道务多沿袭明代旧制，保留提点司建制，各大主宫行政、教务、祭祀权仍牢牢归于武当本土樃梅本山派。
 
依据康熙《大岳太和山纪略》、乾隆《续辑均州志》等清代官修方志记载，顺治至咸丰年间，玉虚宫、太和宫、南岩宫、紫霄宫、五龙宫五大核心主宫，法定道官提点均从樃梅派弟子中遴选，由官府备案授牒，统辖本宫田产、真武岁时祭祀、道众管束、度牒发放等全部事务。明代形成的 “一宫一提点” 行政范式完整延续，孙碧云所传樃梅法脉依旧是武当山官方认定的正统本山道派，占据全山宫观管理的核心地位。彼时遇真宫、静乐宫、迎恩宫等附属宫宇，亦以樃梅派住持、监院协理教务，形成以五大主宫为核心、其余宫观为辅的樃梅本山派管理格局。
 
直至咸丰年间，历经战乱冲击，清廷裁撤武当山官方道官体系，存续两百余年的提点司制度正式消亡，“提点” 自此不再是朝廷法定职衔，仅在碑刻、民间口述中作为旧称偶尔沿用，樃梅派独掌官方道权的时代宣告落幕。
 
1.全真龙门势力进入与监院体系建立
 
康熙年间，武当山道观管理格局发生结构性变革，元和观、复真观率先改制为全真十方丛林，传统单一正一本山管理模式被打破。丛林规制之下新设监院一职，作为道场实际行政总管，全权处置宫观田亩租息、道众日常管束、收支钱粮、对外交际接待等实务，民间俗称 “当家”，掌握道场实际财权与事权。
 
十方丛林制度落地后，全真龙门派道团逐步扎根武当，与本土樃梅正一派形成分庭并立之势。同治以降，龙门派势力持续扩张，紫霄宫亦完成十方丛林改造，监院、方丈配套制度全面普及：监院主行政庶务，方丈专司传戒讲经、接引十方云游道众，构成标准全真丛林管理架构。
 
2.咸丰后樃梅派退守传统旧宫，龙门把持十方丛林
 
咸丰裁撤提点司是武当两派势力消长的关键分界点。官方道官体系消失后，樃梅派失去朝廷制度层面的权力支撑，无法继续统摄全山各大宫观，逐步收缩道场范围，退守南岩宫、太和宫、静乐宫、遇真宫等自明代起便由樃梅派世代传承的老牌宫宇，保留本山法脉传承与日常香火管理，维持传统武当清微斋醮、真武祭祀仪轨。
 
与之相对，元和观、复真观、紫霄宫三座十方丛林完全由全真龙门派执掌，监院、方丈均为龙门后裔，形成 “龙门主丛林、樃梅守旧宫” 的二元并存格局。顺治至光绪中期，仅元和观、复真观、紫霄宫三处完成十方丛林改制，设立全真龙门监院、方丈；南岩宫终清大部分时段为樃梅本山子孙常住，并未纳入十方丛林体系。直至光绪二十七年（1901），因宫观残破、钱粮匮乏，南岩宫才临时开放十方挂单，短暂设立十方丛林规制，但法脉根基、正殿教务仍由樃梅派把持。整体来看，咸丰裁撤道官后，樃梅派长期固守南岩、太和、静乐、遇真四座传统子孙常住宫宇，与龙门派执掌的十方丛林形成清晰分野。
 
纵观明末至晚清武当道派发展脉络，清初政权承袭明制的提点司制度，为樃梅派维持全山统治地位提供制度保障；康熙十方丛林改制开启全真龙门派入山契机，监院、方丈新管理体系逐步成型；咸丰道官裁撤成为道派势力转换分水岭，樃梅派丧失官方行政权，退守传统祖庭，龙门派占据新兴十方丛林，最终形成两派共居武当、各司道场的长期格局，深刻塑造了清代武当山道教传承的整体面貌。